В 1586 году полчища ордынцев подошли к Яицкому городку - несколько тысяч против четырех сотен казаков... Однако крепость ногаи взять не смогли, а казаки не стали долго в ней отсиживаться. В конном порядке вышли за стены, разделились на шесть отрядов и разгромили врага.

В 1591 году волжские казаки вместе с яицкими участвовали в походе русских войск на Кавказ против Шамхала Тарковского. Исполняя "службу государеву”, участвовали во взятии столицы Шамхальства - города Тарки. В 1594 году они вновь, в количестве тысячи человек в отряде князя Андрея Хворостинина воевали с Шамхалом.

В конце XVI века на Волге появились прикочевавшие из глубин Азии калмыцкие орды. Годы 1590 - 1606-е отмечены в летописях постоянной борьбой волжских казаков с калмыцкими набегами.

Постепенно обстановка в Поволжье нормализовалась, основные противники Московского государства разгромлены. Но в самой Московской Руси обстановка становилась крайне напряженной.

Смерть бездетного царя Федора Иоанновича, приход к власти Бориса Годунова, боярские заговоры, появление самозванца Лже-Дмитрия I (Григория Отрепьева), краткое правление Василия Шуйского, восстание казаков и крестьян под предводительством Ивана Болотникова, Лже-Дмитрий II... На Руси началась Великая Смута начала XVII века. В течение 1603-1618 годов страну потрясли многочисленные восстания, бунты, заговоры, мятежи, ее терзали авантюристы, интервенты, проходимцы и разбойники.

В 1605 году далеко от Москвы, на Тереке, появился "племянник” московского "государя Дмитрия”. То был беглый холоп Илейка Коровин, он же Юрьев, он же Муромец, он же Горчаков. С небольшим отрядом под именем "Царевича Петра” он отправился на стругах вверх по Волге к "дяде”.

Здесь к нему присоединилась Волжская казачья вольница, увеличив его отряды до четырех тысяч человек. Возле Самары их встретил гонец Лже-Дмитрия Тимофей Юрлов с грамотой о том, чтобы, не мешкая, идти к Москве (Лже-Дмитрий рассчитывал на помощь Лже-Петра). Но под Свияжском казаки получили известие, что Лже-Дмитрий убит в Москве. Отряд Илейки повернул обратно и вскоре был разбит стрельцами и служилыми волжскими казаками. Остатки его бежали на Дон и Камышинку, а сам Илейка был схвачен и повешен.

Положение на Волге несколько стабилизировалось. Но в канун лета 1613 года тут появляется жена двух Лже-Дмитриев Марина Мнишек, с сыном ("воренком”, как называет его русская летопись). А с ней - атаман Иван Заруцкий с донскими и запорожскими казаками, вытесненными войсками Московского правительства из-под Рязани. Им удалось захватить Астрахань и убить воеводу Хворостинина.

Собрав до 30 000 ратных людей - волжской вольницы, татар и ногаев - Заруцкий пошел вверх по Волге на Москву.

Борьбу с Заруцким и Мнишек возглавил князь Дмитрий Лопата-Пожарский. Опираясь на Казань и Самару, он отправил атамана Онисимова к волжским вольным казакам, убеждая их признать царя Михаила Федоровича Романова. В результате переговоров большая часть волжских казаков ушла от Заруцкого, изрядно подорвав его силы.

Весной 1614 года Заруцкий и Мнишек рассчитывали перейти в наступление. Но приход большой рати князя Обоевского и наступление Лопаты-Пожарского заставили их самих оставить Астрахань и бежать на Яик на Медвежий остров. Оттуда они рассчитывали нанести удар на Самару. Но казаки, видя всю бесперспективность их положения, сговорившись, выдали Заруцкого и Мнишек с "воренком” московским властям 25 июня 1614 года.

Иван Заруцкий был посажен на кол, "воренок” повешен, а Марина Мнишек вскоре умерла в тюрьме. Разгром в 1614 году "гулевого” атамана Тренеуса и ряда других мелких ватаг показал волжскому казачеству единственный для него путь - служение Русскому государству, хотя и после того рецидивы "вольницы” еще случались...

Начиная с 1630 года практически все Волжское казачество включается в борьбу с прикочевавшей из глубины Азии Большой Калмыцкой Ордой. В 1639 году десятитысячное войско калмыков попыталось штурмом овладеть Самарой, но было отбито казаками и стрельцами. В 1643 и в 1644 годах казаки выходили биться с калмыками к Яицким вершинам, нанеся им ряд тяжелых поражений.

В благодарность за это 26 августа 1643 года царь Михаил Федорович пожаловал Самарским казакам набатный колокол весом 14 пудов. Ныне изображение этого колокола стало одним из символов Возрождения Волжского казачьего Войска.

В годы 1637-1643, во время знаменитого "Азовского сидения”, волжские и яицкие казаки неоднократно посылали помощь донским и запорожским казакам.

А в 1650 - 1670-е годы Волжские казаки в составе правительственных войск неоднократно привлекались к службе на Кавказе. Русские крепости по Тереку и Сунже мешали чеченцам, Кабарде, кубанским татарам, персам, черкесам и туркам совершать опустошительные набеги на русские земли. На полгода, на год, а то и больше уходили казаки с берегов Волги "держать” эту опасную границу. Раз за разом отражали они нападения свирепых соседей. Постоянная опасность для жизни, непривычный климат, болезни и, главное, большая удаленность от родных мест делали эту службу особенно тяжелой и опасной. Многие казачьи кости остались навечно лежать в горах и предгорьях Кавказа...